Chociaż literatura woli BABĘ JAGĘ zapisywaną jako dwa odrębne wyrazy, słowniki ortograficzne – w tym najważniejszy Słownik ortograficzny PWN – notują przede wszystkim zapis z łącznikiem BABAJAGA. Skąd taka różnica? Po części wynika to z pochodzenia i znaczenia połączenia BABA-JAGA, po części zaś z przyjętych założeń i przepisów. Zgodnie z obowiązującymi przepisami ortograficznymi łącznik (dywiz, krótką kreseczkę bez spacji po obu stronach) stawiamy m.in. „W parach wyrazów mających charakter tautologii, np. aby-aby, ani-ani, baba-jaga, baba-jędza, tuż-tuż” ([189] 53.1.2. SO PWN). Nie trzeba chyba nikogo przekonywać do tego (albo o tym), że ANI-ANI czy TUŻ-TUŻ to połączenia tautologiczne (a więc składające się z wyrazów o takim samym znaczeniu). Dlaczego jednak BABA-JAGA i BABAJĘDZA zostały uznane za tautologie? Słowa JAGA i JĘDZA to etymologiczne siostry – rozwinęły się z prasłowiańskiego *ęga / *ędza ‘ciężka choroba, niemoc’ i stały się personifikacją tejże choroby: JAGA na wschodzie, JĘDZA na zachodzie słowiańszczyzny. Słowo BABA natomiast – poza tym, że oznacza kobietę, starszą kobietę, staruszkę, babcię – było używane też w znaczeniu ‘znachorka’ lub ‘czarownica’. W polszczyźnie BABA-JAGA jest najprawdopodobniej zapożyczeniem z języków wschodniosłowiańskich: rosyjska баба-ягa – i w literaturze, i w słownikach – jest zresztą zapisywana z łącznikiem, tak jak w większości polskich słowników ortoepicznych.