Są dwie hipotezy wyjaśniające pochodzenie form CZUBEK ‘wariat’ i CZUBKI ‘szpital wariatów’. Pierwsza z nich odwołuje się do przysłowia „każdy dudek ma swój czubek” i do stereotypu DUDKA. Zgodnie z tą koncepcją DUDEK, charakteryzujący się imponującym CZUBKIEM i uznawany w kulturze ludowej za istotę niespełna rozumu, użyczył swych konotacji CZUBKOWI. CZUBEK „odziedziczył” zatem po DUDKU cechę bycia niespełna rozumu. Forma liczby pojedynczej CZUBEK użyta zbiorowo dała następnie formę CZUBKI ‘dom wariatów’. Według drugiej teorii, autorstwa Juliana Krzyżanowskiego, słowo CZUBKI w znaczeniu ‘szpital dla psychicznie chorych’ miałoby być pozostałością działalności misyjnej bonifratrów, którzy – sprowadzeni do Polski na początku XVII w. – założyli w Krakowie pierwszy szpital dla chorych umysłowo. Najpierw CZUBKAMI nazywano samych bonifratrów, noszących ostro zakończone kaptury, później słowem tym zaczęto określać szpitale przez nich zakładane i prowadzone, a wreszcie – wszelkie szpitale dla osób chorych psychicznie. Z czasem nazwa nabrała pejoratywnego zabarwienia i znalazła się w niższych rejestrach polszczyzny.