Mają coś ze sobą wspólnego te wyrazy czy nie? Cóż, „różni różnie plotą” – jak rzekł Wieszcz. 
KAPŁAN to ‘duchowny’, a KAPŁON to ‘wykastrowany kogut’ – co mogłoby zatem łączyć te słowa, tak odległe znaczeniowo?  
Otóż – według jednej z licznych teorii – rzeczownik KAPŁON (dawniej w postaci KAPŁUN) jest wynikiem XVI-wiecznej kontaminacji: skrzyżowania czy pomieszania podstawowej, zapożyczonej ze średniowiecznej łaciny, ewentualnie z włoskiego, formy KAPUN (‘kogucik’) z już obecną w polszczyźnie, ale również zapożyczoną z łaciny formą KAPŁAN. Podstawą takiej kontaminacji, jak się suponuje, miałaby być semantyka: skojarzenie odmaskulinizowania młodego koguta ze stanem celibatu kapłańskiego. Inne teorie wszakże nie łączą pochodzenia słów KAPŁAN i KAPŁON, choć każda z nich wywodzi te słowa – bezpośrednio lub pośrednio – z łaciny.  

Źródło:

[SJP PWN; SJP Dor; ESJP, I, 625-626]