Opuszczenie 17 września granic Rzeczpospolitej przez rząd i prezydenta RP nie przerwało ciągłości działalności państwa polskiego nad Wisłą. Za symboliczny akt założycielski Polskiego Państwa Podziemnego uważa się stworzenie 27 września Służby Zwycięstwu Polski (SZP). Konspiracyjna organizacja została założona tuż przed kapitulacją stolicy rozkazem dowódcy Armii Warszawa generała Juliusza Rómmla po uzgodnieniach z prezydentem stolicy Stefanem Starzyńskim.

Pierwszym dowódcą był generał Michał Tokarzewski-Karaszewicz. Głównym celem była reorganizacja polskiej armii i odrodzenie Polski w przedwojennych granicach. Tokarzewski otrzymał poparcie wszystkich liczących się sił politycznych w kraju: Polskiego Stronnictwa Ludowego, Polskiej Partii Socjalistycznej, Stronnictwa Narodowego i Stronnictwa Pracy.

Decyzją Wodza Naczelnego Władysława Sikorskiego, Służba Zwycięstwu Polsce została rozwiązana, a w jej miejsce powstał 13 listopada 1939 r. Związek Walki Zbrojnej (ZWZ), kierowany z Paryża przez generała Kazimierza Sosnkowskiego. W odróżnieniu od SZP nie był organizacją wojskowo-polityczną, tylko wojskową.

Po klęsce Francji, 18 czerwca 1940 r., Wódz Naczelny Sikorski mianował zastępcą Komendanta Głównego ZWZ płk. Stefana Roweckiego, co de facto dawało mu samodzielność decyzyjną w kraju, wszakże w porozumieniu z Głównym Komitetem Politycznym, skupiającym największe partie polityczne. Komitet przekształcił się później w Krajową Reprezentację Polityczną i Radę Jedności Narodowej. Cywilna administracja, złożona z wszystkich stosownych pionów, w tym sądownictwa, podlegała od 1940 r. Delegaturze Rządu Na Kraj, rejestrując działalność okupantów i przygotowując plany odbudowy.

14 lutego 1942 ZWZ zostało przekształcone w Armię Krajową (AK), stanowiącą integralną część Polskich Sił Zbrojnych, podległych Wodzowi Naczelnemu w Londynie. Różne dane mówią o liczebności od 200 do 400 tysięcy żołnierzy. Była to największa podziemna armia na okupowanym kontynencie.

Pomnik Armii Krajowej i Polskiego Państwa Podziemnego znajduje się przy Sejmie RP w Warszawie.