Te dwa podobne frazeologizmy częściowo pokrywają się znaczeniem i zakresem użycia, ale tylko częściowo.  
Wyrażenie ZA SZKŁEM jest znacznie uboższe znaczeniowo. ZA SZKŁEM trzymamy bibeloty, książki, starodruki, eksponaty – ZA SZKŁEM oznacza obecnie wyłącznie ‘w szklanej gablocie, za szklanymi drzwiczkami szafki’. Dawniej w tym samym znaczeniu używano również wyrażenia POD SZKŁEM, choć raczej w kontekście muzealnych gablotek (zazwyczaj płaskich, krytych szkłem od góry, a nie z boku jak szafki): „Prezentował gościom eksponaty trzymane tam pod szkłem” [SJP Dor].  
POD SZKŁEM obecnie to przede wszystkim ‘w inspektach, w szklarni’: „Rozbudowujące się coraz bardziej warzywnictwo pod szkłem ma na celu uprawę pomidorów” [SJP Dor]. Kiedyś POD SZKŁEM – pod kopulastym kloszem szklanym – trzymano również świeże kwiaty w nie aż tak dobrze ogrzewanych pomieszczeniach (przypomnijcie sobie „Piękną i Bestię” i różę, która gubiła płatek po płatku pod takimż szklanym kloszem). Stąd właśnie drugie, przenośne, znaczenie wyrażenia POD SZKŁEM – ‘w wygodnych warunkach, ale też: w izolacji’ i TRZYMAĆ kogoś pod SZKŁEM ‘przesadnie chronić, wydelikacać; nie pozwalać komuś stykać się z życiem’: „Gryzł się, że go trzymają pod szkłem jak lalkę woskową” [SJP Dor]. A my nie dajmy się trzymać pod szkłem – nawet tym, którzy głoszą, że nas kochają!