Jan Andrzej Paweł Kaczmarek urodził się w Koninie 29 kwietnia 1953 roku. Od dziecka miał kontakt z muzyką, a pierwsze lekcje otrzymał od dziadka – muzyka-amatora. Ukończył muzyczną szkołę podstawową. Pierwsze utwory (muzykę do szkolnych spektakli) tworzył już w szkole. W liceum skomponował hymn szkoły. Często bywał na koncertach w poznańskiej filharmonii. W latach 70. studiował prawo na Uniwersytecie Adama Mickiewicza w Poznaniu. Odbył staż w awangardowym Teatrze Laboratorium Jerzego Grotowskiego, tworzył oprawę muzyczną dla spektakli Teatru Ósmego Dnia oraz Teatru Polskiego w Poznaniu. Z Grzegorzem Banaszakiem, kolegą ze studiów, założył Orkiestrę Ósmego Dnia, z którą w latach 80. odbył tournée po wielu krajach – m.in. po Włoszech i Stanach Zjednoczonych, gdzie wydał pierwszą płytę. W 1989 roku wyjechał do USA w ramach stypendium Departamentu Stanu. Wkrótce osiadł tam z żoną, Elżbietą, i czwórką dzieci. Pisał muzykę dla filmu i teatru. W 1993 roku otrzymał nagrodę Drama Desk i Off-Broadway Theatre Award za najlepszą muzykę teatralną roku, a w 2005 roku - nagrodę amerykańskiej Akademii Filmowej – Oscara za partyturę do filmu Marzyciel w reżyserii Marca Forstera z udziałem Johny’ego Deppa, Kate Winslet, Radhy Mitchella czy Dustina Hoffmana.  Jest autorem muzyki do ponad 70 obrazów filmowych, w tym m.in. Niewiernej Adriana Lyne’a, Aimée i Jaguar Maxa Farberbocka, Straconych dusz Janusza Kamińskiego, Quo Vadis Jerzego Kawalerowicza. Od lat współpracuje z Lechem Majewskim i Agnieszką Holland, dla której muzycznie zilustrował m.in. Całkowite zaćmienie, Plac Waszyngtona, Trzeci cud. Komponował też utwory autonomiczne – zwykle rozpisane na duże zespoły orkiestrowe i chóry – w tym Kantatę dla wolności, którą uczcił 25. rocznicę podpisania Porozumień Sierpniowych i powstania Solidarności oraz Universę – Operę Otwartą, dzieło napisane z okazji obchodów 650-lecia Uniwersytetu Jagiellońskiego. W Polsce stworzył Instytut Rozbitek (w Rozbitku, gmina Kwilcz), którego celem jest działalność edukacyjna i artystyczna, m. in. łączenie młodych kompozytorów z producentami i uznanymi artystami. Jest inicjatorem i organizatorem festiwalu Transatlantyk. Od kilku lat zmaga się z ciężką, nieuleczalną chorobą.