Na przełomie lat 80-tych i 90-tych ujawniły się i zalegalizowały swą działalność liczne stowarzyszenia, komitety i fundacje zajmujące się dotychczas w podziemiu różnymi aspektami zbrodni katyńskiej. Wśród nich wyróżnić należy Niezależny Komitet Historyczny Badania Zbrodni Katyńskiej (KHBZK), który powstał w październiku 1989 roku, oraz Polska Fundacja Katyńska w 1990 roku, (zarejestrowana notarialnie 06.06.1990 r., w Sądzie Rejonowym 04.09.1992 r.), które podjęły naukowe badania nad zbrodnią katyńską i starania o godne upamiętnienie ofiar zbrodni.
Skład osobowy obydwu zespołów w dużym stopniu pokrywał się, dzięki czemu podział zadań i współpraca między obydwoma strukturami była bardzo ścisła pozwalająca analizować ich działanie łącznie.
Członkami założycielami, a także fundatorami Polskiej Fun­dacji Katyńskiej byli: dr Bożena Łojek – historyk teatru, prof. Mieczysław Nieduszyński, mec. Jan Olszewski, ks. Zdzisław Peszkowski ocalały jeniec obozu w Kozielsku, dr Marek Tar­czyński – historyk wojskowości, prof. Jacek Trznadel – historyk literatury, inż. Jędrzej Tucholski – syn katyńczyka i red. Wojciech Ziembiński – działacz niepodległościowy. Statut Polskiej Funda­cji Katyńskiej opracował mec. Jan Olszewski. Akt notarialny fun­dacji podpisany został 6 czerwca 1990 r. z wstępnym majątkiem 4000000 zł, na który złożyli się członkowie założyciele.
W 1991 i 1992 roku do Fundacji przyjęci zostali dr Jerzy Jackl, prokurator Stefan Śnieżko i Adam Macedoński. Wszyscy działali w różnych okresach zarówno w PFK jak i NKHBZK. Poza wspomnianymi w Niezależnym Komitecie Historycznym Badania Zbrodni Katyńskiej od początku działa także historyk i dziennikarz Stanisław M. Jankowski.
Honorowe członkostwo komitetu przyjęły wybitne osobistości związane ze  sprawą zbrodni katyńskiej: Józef Czapski - jeniec obozu w Starobielsku, autor pierwszej listy ofiar zbrodni katyńskiej i książki „Na nieludzkiej ziemi", Gustaw Herling - Grudziński – jeniec obozów sowieckich, ksiądz prof. Leon Musielak – ocalały jeniec obozu w Kozielsku, ksiądz Zdzisław Peszkowski – jeniec obozu w Kozielsku, prof. Stanisław Swianiewicz – jeniec obozu w Kozielsku, który jako jeden z pierwszych dał świadectwo zbrodni i prof. Janusz K. Zawodny – autor pierwszej książki o Katyniu w języku angielskim „Death in the Forest" (1962)
Cele Komitetu i Fundacji były zbieżne. Komunikat informujący o działalności Komitetu stwierdził:
„Komitet jest zespołem niezależnym, nie wchodzi w skład żadnej instytucji czy grupy politycznej [...] Racją istnienia Komitetu jest prowadzenie i organizowanie badań celem ukazania szczegółowej prawdy historycznej o zagładzie oficerów polskich zamordowanych wiosną 1940 roku przez sowieckie NKWD, a przebywających przedtem w obozach Kozielska, Ostaszkowa i Starobielska. Eksperci Komitetu gotowi są przedstawić swoje opinie i udzielić pomocy instytucjom publicznym zajmującym się sprawą Katynia”
(Komunikat o powstaniu NKHBZK z 06.11.1989 r.)

Głównymi celami Fundacji jest:
„Gromadzenie funduszy oraz innych środków z kraju i za­granicy przeznaczonych na utrwalenie pamięci ofiar zbrodni do­konanych przede wszystkim w Katyniu, Charkowie i Miednoje na jeńcach polskich w Kozielsku, Starobielsku i Ostaszkowie (zwanej potocznie zbrodnią katyńską), a w szczególności na wspomaganie wszelkich prac związanych z budową cmentarzy wojskowych i pomników – kaplic w wymienionych wyżej głównych miejscach męczeństwa i pochówku jeńców polskich, na gro­madzenie i opracowywanie dokumentacji, prowadzenie Archi­wum i Biblioteki Katyńskiej, na wspomaganie publikacji poświęconych zagładzie polskich jeńców na Wschodzie”
(Postanowienie Sądu Rejonowego dla m.st. Warszawy z  04.09. i 27.10 1992 r.)
Do najważniejszych zrealizowanych przedsięwzięć Komitetu i Fundacji wymienić należy:
· Pomoc w zorganizowaniu w 1990 roku doradczego Komitetu Katyńskiego przy Radzie Ochrony Pamięci Walk i Męczeństwa,
· Merytoryczną pomoc w przygotowaniu materiałów do Konkursu na cmentarze Katyńskie w Katyniu, Miednoje i Charkowie oraz udział w jury tego konkursu,
· Powołanie zespołów autorskich i opracowanie inskrypcji nagrobnych na cmentarze Katyńskie (Katyń, Miednoje, Charków),
· Opracowanie przez te zespoły Trzech Ksiąg cmentarnych dla cmentarzy w Katyniu, Miednoje i Charkowie. Wsparcie finansowe obu trudnych i unikalnych przedsięwzięć. Zorganizowanie wśród Rodzin Katyńskich ankiety biograficznej ofiar (3 tysiące) i zbiórka Ich zdjęć. Sfinansowanie tego przedsięwzięcia,
· Wsparcie finansowe sumą 350.000,00 zł budowy cmentarza w Katyniu (centralny ołtarz, stół mszalny i ściana pamięci),
· Udział w  pracach Organizacyjnego Komitetu Katyńskiego przy Urzędzie Rady Ministrów – budowy cmentarzy i organizacji uroczystości otwarcia i poświęcenia cmentarzy w Katyniu, Charkowie i Miednoje w 2000 roku,
· Finansowe i organizacyjne wsparcie ekip ekshumacyjnych prowadzących prace w Katyniu, Miednoje i Charkowie,
· Opracowanie Regestrów 60 tomów akt śledczych śledztwa katyńskiego i przekazanie ich do Ministerstwa Sprawiedliwości (prok. S. Śnieżko), IPN-owi i Muzeum Katyńskiemu,
· Uwieńczone sukcesem wieloletnie starania o Muzeum Katyńskie powstałe przy Muzeum W.P. w Forcie Czerniakowskim w Warszawie. Wspieranie Muzeum Katyńskiego finansowo na wyposażenie oraz na konserwację przedmiotów z ekshumacji – relikwii,
· Konsultacje oraz wspieranie merytorycznie i finansowo wydawanych przez Naczelną Dyrekcję Archiwów Państwowych czterech tomów dokumentów – „Katyń – dokumenty zbrodni”,
· Wsparcie organizacyjne i finansowe budowy pomnika „Polakom Poległym i Pomordowanym na Wschodzie po 17.09.1939”,
· Inicjatywa i wsparcie finansowe zbudowania Kaplicy Katyńskiej w Katedrze Polowej w Warszawie; Pozyskanie Relikwii Matki Boskiej Kozielskiej Zamordowanych do ołtarza Kaplicy (od wnuka ofiary Henryka Gorzechowskiego). Współpraca z Biskupem Polowym W.P. Sławojem Leszkiem Głódziem,
· Od 1990 roku organizowanie corocznie międzynarodowych i krajowych sesji Katyńskich na Zamku Królewskim w Warszawie. Każdą sesję poprzedza wydanie kolejnego numeru „Zeszytów Katyńskich”. Do 2007 roku ukazały się 22 Zeszyty. W „Zeszytach” zamieszczana jest bibliografia Katyńska za lata 2000-2007. Redaktorem Zeszytów jest dr Marek Tarczyński.
Zeszyty obejmują szeroki zakres tematyki związanej z Katyniem z zakresu historii, prawa, archeologii, etyki itp.
Autorami są specjaliści zajmujący się badaniem różnych aspektów zbrodni Katyńskiej (Zeszyty Katyńskie dostępne są w Muzeum Katyńskim przy ul. Powązkowskiej 14 w Warszawie ),
· Komitet i Fundacja zorganizowały i współpracowały przy organizacji wielu wystaw Katyńskich m.in. Nie tylko Katyń (Kościół Św. Krzyża w Warszawie 04.1990 r. i 10.1992 r. w Muzeum W.P.), oraz Charków, Miednoje w Muzeum W.P. i Warszawa Rozstrzelana w Katyniu w Archiwum m. st. Warszawy,
· PFK ufundowała tablice na ścianie Kościoła Św. Karola Boromeusza na Powązkach w Warszawie – prof. Stanisławowi Swianiewiczowi i Józefowi Czapskiemu,
· Komitet i Fundacja opracowały kilkadziesiąt memoriałów, apeli, listów otwartych, listów do najwyższych władz Polskich i Rosyjskich w sprawie katyńskiej, zorganizowała też manifestacyjny przemarsz Rodzin ofiar W Katyńskiej Czarnej Procesji przez centrum Warszawy do grobu Nieznanego Żołnierza.
NKHBZK i PFK przez cały czas swej działalności współpracują ze Stowarzyszeniami Rodzin Katyńskich z całej Polski, Ministerstwem Sprawiedliwości, Ministerstwem Edukacji Narodowej, Instytutem Pamięci Narodowej, Radą Ochrony Pamięci Walki i Męczeństwa, z Ministerstwem Obrony Narodowej, z Rosyjskim Memoriałem i ostatnio z Narodowym Centrum Kultury.
Aktualne władze PFK: przewodnicząca Zarządu – dr Bożena Łojek, wice przewodniczący – dr Jerzy Jackl, skarbnik – mgr Iwona Dąbrowska, Przewodniczący Rady: prof. dr hab. Jacek Trznadel, sekretarz
dr Marek Tarczyński. Adres korespondencyjny: Nowy Świat 28 m. 20. W NKHBZK jest tylko jedna funkcja sekretarza naukowego – którą pełni dr Bożena Łojek.

Szerszą historię pierwszych 10 lat działalności NKHBZK zamieszczono w 10 numerze „Zeszytów Katyńskich” z 1999 roku, Polskiej Fundacji Katyńskiej w nr 13 z 2001 r.

dr Bożena Łojek